De Mirt procedure bestaat uit vier fases:
Initiatie
Tijdens de initiatie-fase wordt de Startbeslissing gepubliceerd door de minister van Infrastructuur en Waterstaat. Daarin wordt aangekondigd dat er een onderzoek start en welke oplossingen en aspecten worden bekeken. Ook het beschikbare budget wordt vastgelegd.
Verkenning
In de Verkenningsfase wordt, samen met de omgeving, alle mogelijke oplossingen onderzocht en beoordeeld. Bij de beoordeling wordt gelet op inpassing in de omgeving, effecten op de natuur en in hoeverre de oplossing bijdraagt aan de doelstelling van het opwaarderen van de vaarweg.
Uiteindelijk blijft er één oplossing over, dat heet het voorkeursalternatief. Het voorkeursalternatief wordt ter besluitvorming aan de Minister voorgelegd.
Planuitwerking
Tijdens de planuitwerking wordt het voorkeursalternatief verder ontworpen en uitgewerkt. De benodigde vergunningen worden aangevraagd. Tijdens deze fase hebben belanghebbenden de gelegenheid om formeel op de ontwerpen te reageren.
Het ontwerp wordt zover mogelijk aangepast aan de hand van de zienswijzen die worden ingediend. Daarna kunnen belanghebbenden die formeel op het ontwerp hebben gereageerd, bezwaar maken tegen het besluit. Dit wordt door de Raad van State behandeld. Als er geen bezwaren worden gemaakt, of wanneer het besluit door de Raad van State onherroepelijk wordt verklaard, is de planuitwerking afgerond.
Realisatie
De realisatiefase begint met het schrijven van een contract en de aanbestedingsprocedure. Het ontwerp wordt in detail uitgewerkt en er wordt een aannemer geselecteerd. Daarna gaat de eerste schop de grond in en start de daadwerkelijke realisatie.